Koulumme peruskoulu on kolmisarjainen. A- ja C-luokat muodostavat saksalaisen linjan ja B-luokat suomalais-saksalaisen linjan. Molemmat linjat alkavat ensimmäiseltä luokalta ja antavat yhdeksän vuoden aikana valmiudet saksankielisen lukion käymiseen. Opetus on luokkamuotoista kaikilla peruskoulun luokka-asteilla. Kotiluokat, tutut luokkatoverit, opettajat ja muu henkilökunta luovat turvallisen, ystävällisen ja kodikkaan ilmapiirin.
Helsingin Saksalaisen koulun perusopetus noudattaa koulun omaa opetussuunnitelmaa. Sitä laadittaessa on otettu huomioon suomalaiset Opetushallituksen antamat perusopetuksen opetussuunnitelmien perusteet sekä saksalaiset Thüringenin osavaltion opetussuunnitelmat. Yhdeksännen luokan hyväksytysti suorittaneet saavat perusopetuksen päättötodistuksen, joka oikeuttaa hakeutumaan lukioon tai muuhun toisen asteen koulutukseen.
