Esiopetus
Esikoulu kestää kaksi vuotta. Oppilaat valitaan esikoulun 1. luokalle esikoulunopettajan arvioinnin perusteella. Arvioinnissa kiinnitetään huomiota lapsen kehitystasoon ja saksan kielen taitoon, aikomukseen pyrkiä Saksalaisen koulun 1. luokalle sekä hänen yhteyksiinsä saksankielisiin maihin (esim. perheen kaksikielisyys, sukulaissuhteet tai oleskelu saksankielisessä maassa). Esikoulun 1. luokan oppilaiden pitää täyttää koulunaloitusvuonna vähintään 5 vuotta.
Perusopetus 
Saksalaisen linjan (a-luokat) 1. luokan oppilaat valitaan tammikuussa järjestettävän soveltuvuuskokeen perusteella. Arvioinnissa kiinnitetään huomiota oppilaan saksan kielen taitoon ja koulukypsyyteen.
Suomalais - saksalaisen linjan 1. luokalle valitaan oppilaat helmikuussa järjestettävän soveltuvuuskokeen perusteella. Lukuvuonna 2010 - 2011 ja 2011 - 2012 otetaan oppilaita myös 3. luokalle. Pyrkijöille järjestetään valintakoe helmikuussa. Suomalais - saksalaiselle linjalle hakeutuvien ei tarvitse osata saksaa.
Kaikkien peruskoulun 1. luokan oppilaiden pitää täyttää koulunaloitusvuonna vähintään 7 vuotta. Poikkeustapauksissa voidaan oppilaaksi ottaa nuorempikin lapsi. Viimeksi mainitussa tapauksessa vanhempien tulee esittää perusopetuslain 27 §:n mukaiset selvitykset. Rehtori voi joka tapauksessa asettaa vanhemmat hakijat etusijalle oppilaspaikkoja täytettäessä.
Saksalaisen koulun 3b-luokan valintakoe koostuu neljästä osasta, joista jokainen pisteytetään erikseen. Ensimmäinen osa on kuuntelutehtävä. Oppilaille luetaan tarina, jonka perusteella heidän on vastattava monivalintakysymyksiin. Toinen osa on matemaattisten ja päättelykykyä vaativien tehtävien ratkaisemista, ja sen jälkeen pidetään noin 15 minuutin pituinen tauko. Tauon aikana koulu tarjoaa oppilaille pienen välipalan. Mikäli aikataulu antaa myöten, voidaan myös leikkiä yhdessä jokin pieni leikki.
Välipalan jälkeen valintakoe jatkuu kirjoittamisosalla, ja sen jälkeen seuraa kokeen päättävä luetun ymmärtäminen. Lisäksi aikaa kuluu ohjeiden antamiseen ennen jokaisen kokeen osan alkua, joten kokeeseen kuluu aikaa hieman yli kaksi tuntia.
Oppilaat 3b-luokalle valitaan soveltuvuuskokeen pisteiden perusteella. Jos kokeessa olevalla oppilaalla on sisaruksia Helsingin Saksalaisessa koulussa, oppilas saa omiin pisteisiinsä +10 % hyvitystä.
Joskus kokeessa on oppilaita, jotka ovat jo suorittaneet toisen luokan oppimäärän. Heidän pisteistään vähennetään tasapuolisuuden vuoksi -20 %.
Lukio
Oppilaat, jotka ovat saaneet peruskoulun päättötodistuksen Helsingin Saksalaisesta koulusta ja ovat suorittaneet kielidiplomi I -tutkinnon, voivat jatkaa opintojaan suoraan oman koulun lukiossa.
Suomalaisen peruskoulun käynyt oppilas voidaan ottaa Saksalaisen koulun lukion ensimmäiselle luokalle, jos hän on suorittanut kielidiplomi I -tutkinnon tai siihen verrattavissa olevan saksan kielen kokeen. Oppilaaksi ottamiseen vaikuttaa peruskoulun päättötodistus.