Helsingin Saksalaisen koulun perusopetus noudattaa koulun omaa opetussuunnitelmaa, joka on hyväksytty vuonna 2006. Koulun opetussuunnitelmaa laadittaessa on otettu huomioon Suomen Opetushallituksen antamat opetussuunnitelman perusteet ja saksalaisen Thüringenin osavaltion opetussuunnitelmat. Yhdeksännen luokan päätteeksi oppilaat saavat peruskoulun päättötodistuksen, joka oikeuttaa hakeutumaan lukioon tai ammatilliseen koulutukseen.

Koulu on kolmannesta luokasta kahdenteentoista luokkaan kaksisarjainen: a-luokat muodostavat niin kutsutun saksalaisen linjan ja b-luokat suomalais-saksalaisen linjan. Saksalainen linja alkaa jo ensimmäisestä luokasta ja suomalais-saksalainen linja kolmannesta luokasta.

Opetus on luokkamuotoista kaikilla peruskoulun luokka-asteilla. Kotiluokat, tutut luokkatoverit, opettajat ja muu henkilökunta luovat turvallisen, ystävällisen ja kodikkaan ilmapiirin.